人体内胃肠道中共生着结构复杂、数量庞大的微生物群，这些微生物称为肠道菌群，在人体胃肠道内构成一个巨大复杂的微生态系统。人体肠道菌群中包含约30属500~1000种，菌量约为1014，数量是体细胞的10倍，其中厌氧菌占98%以上。肠道菌群由细菌、放线菌、真菌、衣原体、立克次体等组成。正常情况下，肠道菌群能保持动态平衡，起到保护和维持机体健康的作用。肠道菌群参与调控宿主的多种代谢途径，包括宿主的免疫、营养、代谢，并且极大的机体的物质能量代谢及其发展过程。肠道菌群被称为“微生物器官”或“第二基因组”，在人体新陈代谢等方面具有举足轻重的作用。