粪便移植（fecal microbiota transplantation FMT），是一种通过重建肠道菌群来治疗疾病的方法。即把经过处理的健康人的粪便液，通过一定方式移植到病患肠道内，调节肠道菌群失衡。粪便移植的主要作用机理可能是利用粪便中有益菌种的生态占位，定植抗力，生物夺氧，免疫调节，降低肠腔 pH 值和细菌代谢产物的营养等。移植的粪便中最重要的是常年栖息于肠道内的数以亿计的微生物，它们和肠道上皮细胞等生物成分与食源性非生物成分(未被消化的食物) 及来自胃、肠、胰和肝的分泌物(如激素、酶、黏液和胆盐等)共同构成肠道微生态系统。粪便移植是一种最直接有效的调控肠道菌群的方法，有助于重建正常的肠道微生态结构。