体外消化系统可应用到营养学、毒理学、生理学及微生物学等各领域以及食品、药品、保健品等各个行业。国内外对利用体外消化模型进行相关研究的认可度也越来越高。体外消化系统已被广泛应用于食品消化过程中物理化学变化，营养物质的生物利用率，肠道运输和代谢，脂质体等功能活性物质释放与代谢，益生菌和益生元代谢分析，药物缓释释放研究，重金属污染物、真菌毒素等有毒物质的代谢研究，动物营养及代谢特性分析等多个领域。